arn ファイル

  • AMBER や PDB での原子名を Gromacs (.gro) 形式の原子名に変換するためのリスト
  • gmx pdb2gmx では、このリストを基に .gro ファイルが生成される。
  • フォーマット
    MOLECULE_TYPE1   ATOM_NAME_PDB1    PDB_NAME_GROMACS1
    MOLECULE_TYPE2   ATOM_NAME_PDB2    PDB_NAME_GROMACS2
    MOLECULE_TYPE3   ATOM_NAME_PDB3    PDB_NAME_GROMACS3
        :
    • MOLECULE_TYPE: 分子のタイプ
    • ATOM_NAME_PDB: PDB や AMBER で用いられている原子名
    • PDB_NAME_GROMACS: Gromacs で用いられている原子名
  • 例. dna.arn
    DNA  OP1  O1P
    DNA  OP2  O2P
    DNA  H2'  H2'1
    DNA  H2'' H2'2
    DNA  H5'  H5'1
    DNA  H5'' H5'2
    DNA  HO5' H5T
    DNA  HO3' H3T