r2b ファイル

  • 残基名を末端用に変換するためのリスト
    • PDB ファイルには末端残基名でない場合もあるため、このようなマッピングが必要になる。
  • フォーマット
    RES_NAME  RES_MAIN RES_N RES_C RES_2
        :
    • RES_NAME: 残基名
    • RES_MAIN: 末端でない場合の残基名 (マッピングしない場合は - を記入)
    • RES_N: N 末端の残基名 (核酸の場合は 5'-末端) (マッピングしない場合は - を記入)
    • RES_C: C 末端の残基名 (核酸の場合は 3'-末端) (マッピングしない場合は - を記入)
    • RES_2: 2-末端の残基名? (現在不明; アミノ酸ではマッピングされておらず、核酸において DAN, DGN, DCN, DTN, RAN, RGN, RCN, RTN がマッピングされている)
  • 例. aminoacids.r2b
    ; rtp residue to rtp building block table
    ;GMX   Force-field
    ;      main  N-ter C-ter 2-ter
    ALA    ALA   NALA  CALA  -
    ARG    ARG   NARG  CARG  -
    ARGN   -     -     -     -
    ASN    ASN   NASN  CASN  -
    ASP    ASP   NASP  CASP  -
    ASPH   ASH   -     -     -
    CYS    CYS   NCYS  CCYS  -
    CYS2   CYX   NCYX  CCYX  -
    GLN    GLN   NGLN  CGLN  -
    QLN    -     -     -     -
    GLU    GLU   NGLU  CGLU  -
        :