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分子シミュレーション関連:vmd [2019/01/08 13:57]
mumeiyamibito [内部コマンド]
分子シミュレーション関連:vmd [2019/03/08 15:08] (現在)
mumeiyamibito [一時的に特定条件の原子を消す]
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     * [[https://​rchang90.wordpress.com/​2011/​09/​23/​how-to-draw-a-simulation-box-in-vmd/​]]     * [[https://​rchang90.wordpress.com/​2011/​09/​23/​how-to-draw-a-simulation-box-in-vmd/​]]
  
 +==== 分子の表示の変更 ====
 +  - ''​Graphics''​ -> ''​Representaions...''​ で ''​Graphic Representations''​ ウィンドウを起動する。
 +  - 新たに描画対象を指定する場合は、''​Create Rep''​ ボタンをクリックする (編集する場合はスキップする)。
 +  - ''​Style Color Selection''​ と書かれた項目から編集対象のスタイルを選択する。
 +  - ''​Selected Atoms''​ の下の欄に、対象とする原子・分子を指定する (下のタブの ''​Selections''​ 内の項目をダブルクリックしていくだけでも何とかなるかも)。
 +    * よく使う selection:
 +      * 一般名:
 +        * ''​protein'':​ 一般的なアミノ酸
 +        * ''​nucleic'':​ 一般的な核酸
 +        * ''​water'':​ 水分子
 +      * 特定の条件を指定:​
 +        * ''​name X'':​ ''​X''​ という原子名 (元素名でない) を持つ原子
 +        * ''​resname X'':​ ''​X''​ という残基名をもつ残基
 +        * ''​resid N'':​ ''​N''​ 番目の残基 (1 から始まる番号)
 +      * 論理演算子
 +        * ''​and'':​ 条件を AND でつなぐ
 +        * ''​or'':​ 条件を OR  でつなぐ
 +        * ''​not'':​ 条件を否定する
 +      * 距離指定
 +        * ''​within D of TARGET'':​ ''​TARGET''​ に指定した条件の原子を指定し、そこから ''​D''​ Å 以内に存在する原子
 +    * 参考サイト
 +      * [[https://​www.ks.uiuc.edu/​Research/​vmd/​current/​ug/​node89.html | Selection Methods]]
 +      * [[https://​www.ks.uiuc.edu/​Research/​vmd/​current/​ug/​node97.html | Other selections]]
 +  - 条件を入力したら、Enter を押して確定する。
 +  - ''​Draw style''​ タブで、''​Coloring Method''​ と ''​Drawing Method''​、''​Material''​ を指定する。
 +    * よく使うスタイル (''​Coloring Method''​)
 +      * ''​Name'':​ 原子ごとに定義された色
 +      * ''​ColorID'':​ 任意の色
 +    * よく使うスタイル (''​Drawing Method''​)
 +      * ''​Lines'':​ ワイヤー表示
 +      * ''​Hbonds'':​ 水素結合表示
 +      * ''​VDW'':​ ファンデルワールス半径を考慮した球のつながり表示
 +      * ''​CPK'':​ Ball&​Stick モデル
 +      * ''​Licorice'':​ スティック表示
 +      * ''​NewRibbons'':​ タンパク質やアミノ酸の骨格を滑らかなチューブで表示したり、塩基に面を張ったりする表示 (厚め)
 +      * ''​Ribbons'':​ ''​NewRibbons''​ に似ているが、ペラペラのチューブで表示
 +      * ''​Surf'':​ ファンデルワールス半径を考慮した滑らかな面で表示 (ただし、面の演算に時間がかかるのでトラジェクトリ (動画) 表示をすると高コスト)
 +      * ''​QuickSurf'':​ ''​Surf''​ の簡易版
 +      * 
 ===== Tips ===== ===== Tips =====
-====  ==== +==== 周期境界ボックスを表示する ​==== 
-<​code>>​pbc box -color black -width 1</​code>​+  * シンプルなコマンド<​code>>​ pbc box -on</​code>​ 
 +    * 消したい場合は ''​-on''​ を ''​-off''​ にする。 
 +  * オプションをフルに設定する<​code>>​ pbc box -color black -width 1</​code>​
  
-==== 奥に行くとくなる ====+==== 奥の原子・分子がい or 霧がかかる ====
   * ''​Display''​ -> ''​Depth Cueing''​ を OFF にする\\ [[http://​www.ks.uiuc.edu/​Research/​vmd/​mailing_list/​vmd-l/​12103.html]]   * ''​Display''​ -> ''​Depth Cueing''​ を OFF にする\\ [[http://​www.ks.uiuc.edu/​Research/​vmd/​mailing_list/​vmd-l/​12103.html]]
  
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   * ちなみに r が回転モード、t が平行移動モード\\ [[http://​www.life.umd.edu/​biology/​sukharevlab/​download/​vmd_scripts/​vmd_enhanced_startup_file.htm]]   * ちなみに r が回転モード、t が平行移動モード\\ [[http://​www.life.umd.edu/​biology/​sukharevlab/​download/​vmd_scripts/​vmd_enhanced_startup_file.htm]]
 +
 +==== 一時的に特定条件の原子を消す (スタイルを無効化する) ====
 +  * ''​Graphics''​ -> ''​Graphical Representations''​ で表示した ''​Graphical Representations''​ で ''​Style Color Selection''​ 内のスタイルをダブルクリックして赤字にする。
  
 ==== カウンターイオンの表示 (representations) 方法 ==== ==== カウンターイオンの表示 (representations) 方法 ====
ライン 72: ライン 116:
   * 距離をプロットする場合は、Graphics -> Labels... から、Bonds を選択して、Graph タブの Graph... をクリックする   * 距離をプロットする場合は、Graphics -> Labels... から、Bonds を選択して、Graph タブの Graph... をクリックする
  
-==== ppt で再生できる動画作成方法 ====+==== 断面図の作成 ==== 
 +  - 座標及びトポロジーファイルを読み込んで分子を表示する。 
 +  - ''​Extensions''​ -> ''​Visualization''​ ''​Clipping Plane Tool''​ を選択する。 
 +  - 断面の切断面を側面から見る位置に分子を回転させる。 
 +  - その位置で、起動した ''​Clip Tool''​ の ''​Settings''​ 内の 2 項目 (''​Normal follows view''​ と ''​Origin follows center''​ をチェックを入れて、再度チェックを外す) 
 +    - ''​Normal follow view'':​ 現在のビューに合わせて座標を設定する。 
 +    - ''​Origin follows center'':​ 現在のビューに合わせて、座標中心を設定する。 
 +  - ''​Edit Clipping Planes''​ 内の数字 (断面番号) のいずれかをクリックする。 
 +  - ''​Active''​ をクリックする。 
 +  - ''​Distance''​ を設定する。 
 +    * どれくらい切断させたかを確認するには、分子のビューを上下左右のいずれか 90 度回転させると良い。 
 +  - 断面で囲むために、別の切断番号をクリックする。 
 +  - ''​Active''​ をクリックする。 
 +  - ''​Normal''​ の項目にある ''​flip''​ ボタンをクリックする。 
 +  - ''​Distance''​ を設定する (スクロールバーの進める方向は 7 と同じ方向)。 
 + 
 +  * 断面状態は、''​File''​ -> ''​Visualization State...''​ で保存可能だが、再度 ''​Clip Tool''​ を起動するとリセットされる。 
 +==== パワーポイントで再生できる動画作成方法 ====
   - 分子パラメータやトラジェクトリを読み込んだ状態にする   - 分子パラメータやトラジェクトリを読み込んだ状態にする
   - Extensions → Visualization → Movie Maker を選択   - Extensions → Visualization → Movie Maker を選択