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AMBER と Gromacs ファイルの変換 2017/04/18 19:16
VMD 2017/04/18 12:29

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分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:apt-getによる導入

apt-getによる導入

サーバ側(サーバでもジョブを処理させる場合)

  1. ホスト名の設定
    $ sudoedit /etc/hosts
    • 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更
    • 127.0.1.1 はコメントアウト
    • ノードのホスト名も入れていく
  2. インストール
    $ sudo apt-get install torque-server torque-mom torque-client torque-scheduler
  3. 起動中の torque を終了させる
    1. 起動中の torque を確認
      $ ps -e | grep pbs
    2. root 権限で終了させる (service コマンドの stop や kill) する
      $ sudo service torque-mom stop
      $ sudo service torque-scheduler stop
      $ sudo service torque-server stop

      ※service コマンドで torque-server が終了しない場合

      $ sudo kill 24277

      24277 は、pbs_server の PID で ps -e | grep pbs で確認する

  4. 設定ディレクトリの設定
    $ sudo mkdir /var/spool/torque/server_priv
    $ sudo chmod 777 /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered
    $ sudo chmod o+t /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered
  5. サーバ名の設定
    $ sudoedit /etc/torque/server_name

    ホスト名を入れる

  6. スケジューラ、及びジョブワーカーの起動
    • 計算機を再起動させるか、以下のコマンドを実行する
      $ sudo service torque-scheduler start
      $ sudo service torque-mom start

サーバ側 (サーバでジョブを処理させない場合)

  1. ホスト名の設定
    $ sudoedit /etc/hosts
    • 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更
    • 127.0.1.1 はコメントアウト
    • ノードのホスト名も入れていく
  2. インストール
    $ sudo apt-get install torque-server torque-scheduler
  3. 起動中の torque を終了させる
    1. 起動中の torque を確認
      $ ps -e | grep pbs
    2. root 権限で終了させる (service コマンドの stop や kill) する
      $ sudo service torque-scheduler stop
      $ sudo service torque-server stop

      ※service コマンドで torque-server が終了しない場合

      $ sudo kill 24277

      24277 は、pbs_server の PID で ps -e | grep pbs で確認する

  4. 設定ディレクトリの設定
    $ sudo mkdir /var/spool/torque/server_priv
    $ sudo chmod 777 /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered
    $ sudo chmod o+t /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered
  5. サーバ名の設定
    $ sudoedit /etc/torque/server_name

    ホスト名を入れる

  6. スケジューラの起動
    • 計算機を再起動させるか、以下のコマンドを実行する
      $ sudo service torque-scheduler start

ノード側

  1. ホスト名の設定
    $ sudoedit /etc/hosts
    • 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更
    • 127.0.1.1 はコメントアウト
    • ノードのホスト名も入れていく
  2. インストール
    $ sudo apt-get install torque-mom torque-client
  3. サーバ名の変更
    $ sudoedit /var/spool/torque/server_name

    サーバ名を記入

  4. サーバの設定 を終わらせる
  5. スケジューラ、及びジョブワーカーの起動
    • 計算機を再起動させるか、以下のコマンドを実行する
      $ sudo service torque-scheduler start
      $ sudo service torque-mom start

参考サイト

分子シミュレーション関連/環境構築/torque_旧pbs/apt-getによる導入.txt · 最終更新: 2016/09/07 13:10 by mumeiyamibito