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分子シミュレーション関連:amber

AMBER

概要

  • 分子動力学 (Molecular Dynamics; MD) 計算プログラム
  • MD エンジンは、2 年に一度 (偶数年) リリースされるらしい。
  • AMBER の入力ファイル作成や解析に必要なツール AmberTools は毎年リリースされるらしい。
  • MD エンジンは有償
    • もともと sander と呼ばれる実行プログラムが MD エンジンだったが、それより高速に計算できる PMEMD がリリースされた。
      • PMEMD は、sander の一部機能を削り、高速化を重視しているらしい。
      • とはいえ、普通に使う分にはあまり支障がないのだが…。
    • 高速に計算する MD エンジン PMEMD は有償のままだが、sander は AmberTools に付属され、無償化している。
      Ag++ : Mac OSにAmberTools 14をインストール
  • AmberTools は無償

内容

分子シミュレーション関連/amber.txt · 最終更新: 2016/10/17 13:07 by mumeiyamibito