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分子シミュレーション関連:amber:インストール方法

インストール方法

  • AMBER12 以降の gcc を使った実行ファイルの作成方法
  • ここでは、AmberTools のインストール方法を紹介する
    • ただし、AmberTools を展開したディレクトリに PMEMD を含む AMBER 本体を展開すると、同時にインストールすることができる
    • PMEMD を含む AMBER 本体と AmberTools のパッケージファイルは展開すると、amberxx (xx はバージョン) と同名のディレクトリが展開される
  • ここではインストール場所を /opt とする
  1. 必要パッケージのインストール
    $ sudo apt-get install build-essential flex bison tcsh gfortran g++ libbz2-dev libopenmpi-dev openmpi-bin python-tk python-dev python-matplotlib python-numpy python-scipy libtool patch autoconf automake python-mpi4py openssh-client openssh-server netpbm pymol libnetcdf-dev gromacs gromacs-mpich gromacs-openmpi mpich2 mpi-default-bin mpi-default-dev xorg-dev
    • xorg-dev は xleap を使うために必要 (xleap を使わない場合、xorg-dev の他、この後の configure で -noX オプションをつけること)
  2. AMBER パッケージの入手
  3. AmberTools パッケージの展開
    $ cd /opt
    $ tar axvf ~/AmberTools16.tar.bz2
    $ export AMBERHOME=/opt/amber16
    • /opt/amber16 は AmberTools のバージョンによって変わるので適宜変更する
  4. インストール設定 (CPU が 1 つの場合)
    $ ./configure gnu
  5. 実行ファイルコンパイル
    $ make
    • 計算機に複数の CPU が搭載されている場合は、-j CPU数 をオプションとして指定すると並列でコンパイルするので短時間で終わる
  6. インストール設定 (CPU が複数個の場合は追加で以下の作業もする)
    $ make clean
    $ ./configure -mpi gnu
  7. 実行ファイルコンパイル
    $ make
    • 計算機に複数の CPU が搭載されている場合は、-j CPU数 をオプションとして指定すると並列でコンパイルするので短時間で終わる
  8. 以下をシェルの設定ファイル (.bashrc や .zshrc) に追記して使えるように設定
    if [ -d /opt/amber16 ]; then
    	export AMBERHOME=/opt/amber16
    	if [ -f /opt/amber16/amber.sh ]; then
    		source /opt/amber16/amber.sh
    	fi
    fi
    • /opt/amber16 は AmberTools のバージョンによって変わるので適宜変更する
      • Amber12 より前のバージョン(?)では、ここの指定の仕方が変わるので注意
    • /opt/amber16/amber.sh は、環境変数やライブラリパスの追加をしてくれるスクリプトである
分子シミュレーション関連/amber/インストール方法.txt · 最終更新: 2016/09/09 11:55 by mumeiyamibito