ユーザ用ツール

サイト用ツール


サイドバー

トップページ

タグ

階層

最近の更新

AMBER と Gromacs ファイルの変換 2017/04/18 19:16
VMD 2017/04/18 12:29

外部リンク

分子シミュレーション関連:amber:入力ファイルの作成

入力ファイル作成

概要

  • 入力ファイルの作成には tleap、あるいは xleap (GUI バージョン) を使う (ここでは tleap での操作を紹介する)
  • ここでは、hoge.pdb という構造ファイルから、Amber14SB 力場を指定した入力ファイルを作成する

特殊な残基 (リガンドなど) を含まない系

$ tleap
> source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB
> system = loadpdb hoge.pdb
> check system
> addions2 system K+ 0
> solvatebox system TIP3PBOX 20.0
> saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd
  • source: パラメータファイル (力場) を読み込む
    • パラメータファイルは $AMBERHOME/dat/leap の prep、lib、parm、cmd に含まれている; cmd がパラメータセットなので、ここのファイルを読み込むと、複数のパラメータを一度に読み込んでくれる
    • tleap 実行時に -f オプションでパラメータファイルを指定すると、この source コマンドは不要
  • 'loadpdb': PDB ファイルを読み込む
    • ここで指定した system は、変数名なので任意の文字列で OK。以降は構造を変数名で指定していく。
  • check: 構造やパラメータのチェック
    • 構造に問題があると、ここでエラーや warning が表示される (エラーが出た場合は、quit で tleap を終了させて、構造やパラメータをチェックしなければならない)
      • WARNING: The unperturbed charge of the unit: x.xxx is not zero.
        系の電荷が 0 でない場合に表示される (この後の addions2 で解決できるため、無視しても良い)
      • Warning: Close contact of DISTANCE angstroms between .R<RESIDUE1>.A<ATOM> and .R<RESIDUE2>.A<ATOM>
        原子間の距離が近すぎる場合に表示される (この後の最適化で解決できるため、無視しても良い)
  • addions2: イオンを系に追加する
    • 第1引数: 系を指定する変数
    • 第2引数: 追加するイオン
    • 第3引数: イオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される)
    • 第4引数: 追加する別のイオン
    • 第5引数: 追加する別のイオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される)
  • solvatebox: 水分子を追加する (この他に solvateshell や solvateoct などのコマンドも存在する)
    • 第1引数: 系を指定する変数
    • 第2引数: 水分子のモデルの指定 (TIP3PBOX は TIP3P の水分子モデルを指定している)
    • 第3引数: 溶質からの水分子の厚さ(Å) (ここでは、溶質から 20 Å を指定している)
  • saveamberparm: 入力ファイルを保存する
    • 第1引数: 系を指定する変数
    • 第2引数: パラメータファイル (MD計算で使う)
    • 第3引数: 構造ファイル (MD計算で使う)

リガンド (通常の力場に含まれない低分子) を含む系

書きかけ

特殊残基 (通常の力場に含まれない残基が結合している) を含む系

書きかけ

周期境界ボックスのサイズを指定する場合 (溶液のイオン濃度を指定する場合)

  1. 中心座標の取得
    $ tleap
    > source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB
    > system = loadpdb hoge.pdb
    > check system
    > center system
    > quit
    • center コマンドで表示された座標をコピーしておく (コンマで区切った値であることに注意)
  2. 入力ファイルの作成
    $ tleap
    > source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB
    > system = loadpdb hoge.pdb
    > set system box {X Y Z}
    > translate system {コピーした座標にそれぞれ -1 をかけた座標}
    > addions2 system K+ 0
    > solvatebox system TIP3PBOX 0.1
    > saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd
    • set … box: 周期境界ボックスのサイズを設定 (スペースで区切った値であることに注意)
    • translate …: 系の座標のシフト (コンマで区切った値であることに注意)
      • set … box は原点 (0,0,0) を中心に展開するので、系の中心を原点にするため、各座標の値に -1 をかけたものを指定する
    • solvatebox …: ここで指定された厚さは指定したボックスからの距離となるので、0.1 などの小さい厚さを設定しておく
分子シミュレーション関連/amber/入力ファイルの作成.txt · 最終更新: 2016/09/09 11:55 by mumeiyamibito