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分子シミュレーション関連:gromacs

Gromacs

概要

  • フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
  • 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ

インストール方法

簡単な方法

  • $ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi
  • ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、Gromacs 5.1.2 インストール方法 (Ubuntu 14.04) を参照

計算手順

Tips

  • Ver. 5 の変更点
    • 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった (これまでのコマンドの前に gmx が付くだけ)
    • 一部のコマンド (現サブコマンド) の名前が変わった
      • tpbconv → convert-tpr
      • genbox → solvate, insert molecule
      • g_bond → distance
      • g_dist → distance
      • g_sgangle → ganglle
    • マニュアルにコマンドの使い方が載っていない (gmx help あるいは gmx help サブコマンド でコマンドの使い方を見ることができる)

参考サイト

分子シミュレーション関連/gromacs.txt · 最終更新: 2016/11/30 13:15 by mumeiyamibito