Gromacs

  • フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
  • 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ

簡単な方法

  • $ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi
  • ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、Gromacs 5.1.2 インストール方法 (Ubuntu 14.04) を参照
  • Ver. 5 の変更点
    • 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった (これまでのコマンドの前に gmx が付くだけ)
    • 一部のコマンド (現サブコマンド) の名前が変わった
      • tpbconv → convert-tpr
      • genbox → solvate, insert molecule
      • g_bond → distance
      • g_dist → distance
      • g_sgangle → ganglle