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分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs計算手順_ver.5

Gromacs 計算手順 (Ver.5)

概要

  • Gromacs Ver.5 以降の計算手順
    • 基本的には各コマンドが gmx のサブコマンドとなっただけで基本的には同じ

手順

通常

書きかけ
  • 計算実行
    $ gmx mdrun [OPTION]
    • OPTION
      • 入出力関係
        • -deffnm: 計算の入出力ファイルの接頭辞を指定
          • -s-o-x-g-e-cpo オプションが不要になる
          • -deffnm に加えて、-s-o-x-g-e-cpo を指定した場合、それらのオプションが優先される
        • -s: 入力トポロジーファイルの指定 (.tpr)
        • -o: 出力トラジェクトリファイル (.trr)
        • -x: 出力トラジェクトリファイル (.xtc)
        • -g: 出力ログファイル (.log)
        • -e: 出力エネルギーファイル (.edr)
        • -cpi: 入力チェックポイントファイル (.cpt)
        • -cpo: 出力チェックポイントファイル (.cpt)
      • 並列計算関係
        • -nt: OpenMP のスレッド数 (計算機 1 台の中での並列数)。デフォルトは 0 (自動検出)。
        • -ntmpi: MPI の数 (計算機の数; ただし、計算機 1 台の中でも並列指定可能)。デフォルトは 0 (自動検出)。
        • OpenMP と MPI の違いの参考サイト: プログラムの並列化について [AFFRIT Portal]
        • 自動検出 (0) だと、計算機の CPU 数をフルに使うように計算する。
          8 CPU の計算機 1 台の例
          • -nt-ntmpi ともに 0、あるいは指定しない場合、OpenMP:8、MPI:1
          • -nt 2-ntmpi 0 の場合、OpenMP:2、MPI:4
          • -nt 2-ntmpi 1 (両方指定) の場合、OpenMP:2、MPI:1 ⇒ 任意に指定
    • 参考サイト: gmx mdrun

MD 計算の延長

  • MD 計算の計算時間を延長したい場合に使う (tpbconv が廃止され、convert-tpr に置き換わった)
  1. MD 時間を延長した入力ファイルの作成
    $ gmx convert-tpr -s PREVIOUS.tpr -extend TIME -o NEXT.tpr
    • -s PREVIOUS.tpr: 前の計算で使用した tpr (PREVIOUS.tpr) を指定
    • –extend TIME: 延長時間の指定 (TIME は ps 単位で指定する)
    • -o NEXT.tpr: 出力ファイルの指定 (次の計算に使う tpr ファイル (NEXT.tpr) を指定する)
  2. 計算開始
    $ gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME -cpi PREVIOUS.cpt
    • -s NEXT.tpr: 前の操作で作成した .tpr (NEXT.tpr) を指定
    • -deffnm DEFNAME: 出力ファイルや入力ファイルの共通のファイル名 (拡張子を除く) を指定 (この場合は DEFNAME.* が計算で出力される)
      • 前の計算で指定した -deffnm を再度指定すると、各出力ファイルに追記する形で計算が続行される
    • -cpi PREVIOUS.cpt: チェックポイントファイル (PREVIOUS.cpt) の指定
      • PREVIOUS.cpt は前の計算が完了した際に作成されている
      • tpr 自体は延長分を足し合わせた計算をするようになっている。.cpt を指定しないと最初から延長分までの計算をすることになるため、cpi の指定を忘れないこと!
        • 0〜10 ns の計算をする .tpr に 10 ns を追加する convert-tpr を実行してできた NEXT.tpr を作成
          • gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME → 0〜20 ns の計算を実行
          • gmx mdrun -s NEXT.tpr -deffnm DEFNAME -cpt PREVIOUS.cpt → 10〜20 ns の計算を実行
分子シミュレーション関連/gromacs/gromacs計算手順_ver.5.txt · 最終更新: 2017/01/26 10:19 by mumeiyamibito