解析方法

  • 指定された対象の RMSD の経時変化を解析する
  • cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
  • パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
  • 対象 TARGET_MASK の RMSD を測定する
    $ cpptraj
    > parm test.prmtop
    > trajin test.inpcrd
    > rms TARGET_MASK first [mass] out OUTPUT [time TIME] [FITTING_MASK]
    > go
    • TARGET_MASK: 対象のマスク
    • first: 最初のフレームをリファレンスにする
    • OUTPUT: 出力ファイル
    • time: 各時間の刻み幅
    • FITTING_MASK: 指定されたアトムタイプでフィッティングする (指定しなければ、TARGET_MASK でフィッティングされる)
  • 指定された対象の RMSF を解析する
  • RMSF はゆらぎのパラメータ
  • cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
  • パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
    $ cpptraj
    > parm test.prmtop
    > trajin test.inpcrd
    > atomicfluct out OUTPUT [byres]
    > go
    • OUTPUT: 出力ファイル
    • byres: 各残基ごとに出力
  • 指定された対象の水素結合数の経時変化を解析する
  • cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
  • パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
    $ cpptraj
    > parm test.prmtop
    > trajin test.inpcrd
    > hbond angle ANGLE dist DISTANCE donarmask DONAR_MASK acceptormask ACCEPTOR_MASK out OUTPUT solvout OUTPUT_SOLV bridgeout OUTPUT_BRIDGE avgout OUTPUT_AVG
    > go
    • ANGLE: 水素結合の角度 (デフォルト: 135.0°)
    • DISTANCE: 水素結合の距離 (デフォルト: 3.5 Å)
    • DONAR_MASK: 水素結合ドナーのマスク (酸素や窒素などの水素原子を受け取る側)
    • ACCEPTOR_MASK: 水素結合アクセプターのマスク (水素原子が付いている側)
    • OUTPUT: 出力ファイル
    • OUTPUT_SOLV: 溶質-溶質水素結合の平均?
    • OUTPUT_BRIDGE: 溶媒水素結合ブリッジ?
    • OUTPUT_AVG: 溶質間の水素結合 (結合しているアトムタイプも出力される)

  • 1
    $ cpptraj
    > parm test.prmtop
    > trajin test.inpcrd
    > hbond angle 135.0 dist 3.5 \
    mask :D* \
    solventdonar :EG@O* \
    solventacceptor :EG@O* \
    out A.dat \
    solvout B.dat \
    bridgeout C.dat \
    avgout D.dat
    > go
  • 2
    $ cpptraj
    > parm test.prmtop
    > trajin test.inpcrd
    > hbond angle 135.0 dist 3.0 \
    donarmask :4 \
    acceptormask :1-3,5-15 \
    out X4d.dat \
    solvout X4d_solv.dat \
    bridgeout X4d_bridge.dat \
    avgout X4d_avg.dat
    > go

注意

  • hbond はバッチ処理では、そのままでは何度も使えないため、各処理毎 (go の後) に clear dataset datafile を付けて、連続処理する。

参考サイト

  • 指定された対象の周囲の水分子数をカウントする
  • cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
  • パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
    $ cpptraj
    > parm test.prmtop
    > trajin test.inpcrd
    > watershell SOLUTE_MASK out OUTPUT [lower SHELL1_DIST] [upper SHELL2_DIST] [SOLVENT_MASK]
    > go
    • SOLUTE_MASK: 溶質のマスク
    • OUTPUT: 出力ファイル
    • SHELL1_DIST: 第一水和圏の距離 (デフォルト: 3.4 Å)
    • SHELL2_DIST: 第二水和圏の距離 (デフォルト: 5.0 Å)
    • SOLVENT_MASK: 溶媒のマスク (Gromacs はデフォルトで水分子が :SOL なので指定しておいたほうが良い)
  • 指定された対象間の距離の経時変化を解析する
  • cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる
  • パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc / *.mdcrd) が必要
  • 対象1 TARGET1_MASK と対象2 TARGET2_MASK の重心 (中心) 間の距離を測定する
    $ cpptraj
    > parm test.prmtop
    > trajin test.inpcrd
    > distance TARGET1_MASK TARGET2_MASK out OUTPUT [geom]
    > go
    • TARGET1_MASK: 対象1のマスク
    • TARGET2_MASK: 対象2のマスク
    • OUTPUT: 出力ファイル
    • geom: 幾何学的中心で測定 (指定しなければ、重心で測定)
  • 分子シミュレーション関連/amber/解析方法.txt
  • 最終更新: 2018/02/05 10:27
  • by mumeiyamibito