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分子シミュレーション関連:amber:解析方法 [2018/02/05 10:27]
mumeiyamibito [水素結合解析]
分子シミュレーション関連:amber:解析方法 [2019/11/06 20:06] (現在)
mumeiyamibito
ライン 2: ライン 2:
 ===== RMSD 解析 ===== ===== RMSD 解析 =====
   * 指定された対象の RMSD の経時変化を解析する   * 指定された対象の RMSD の経時変化を解析する
 +  * $RMSD = \frac {1} {N} \sqrt{\sum_{i = 1}^{N} (a_i - b_i)^2}$
   * ''​cpptraj''​ に同梱のパッケージで解析ができる   * ''​cpptraj''​ に同梱のパッケージで解析ができる
   * パラメータファイル (''​test.prmtop''​) と座標ファイル (''​test.inpcrd''​ / ''​*.nc''​ / ''​*.mdcrd''​) が必要   * パラメータファイル (''​test.prmtop''​) と座標ファイル (''​test.inpcrd''​ / ''​*.nc''​ / ''​*.mdcrd''​) が必要
  • 分子シミュレーション関連/amber/解析方法.txt
  • 最終更新: 2019/11/06 20:06
  • by mumeiyamibito