Gromacs
概要
- フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
- 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ
インストール
計算手順
ファイルの仕様
力場
Tips
- Ver. 5 の変更点
- 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった (これまでのコマンドの前に gmx が付くだけ)
- 一部のコマンド (現サブコマンド) の名前が変わった
- tpbconv → convert-tpr
- genbox → solvate, insert molecule
- g_bond → distance
- g_dist → distance
- g_sgangle → ganglle
- マニュアルにコマンドの使い方が載っていない (
gmx helpあるいはgmx help サブコマンドでコマンドの使い方を見ることができる)
