Gromacs

  • フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
  • 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ

力場

  • Ver. 5 の変更点
    • 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった (これまでのコマンドの前に gmx が付くだけ)
    • 一部のコマンド (現サブコマンド) の名前が変わった
      • tpbconv → convert-tpr
      • genbox → solvate, insert molecule
      • g_bond → distance
      • g_dist → distance
      • g_sgangle → ganglle
  • 分子シミュレーション関連/gromacs.txt
  • 最終更新: 2019/03/04 10:39
  • by mumeiyamibito