hdb ファイル

  • 水素原子を付ける場所を指定するファイル
  • gmx pdb2gmx 実行時に、このファイルが読み込まれ、水素原子が不足している部位に水素原子が付加される。
  • gmx pdb2gmx-ignh はこのファイルを読み込まない。
  • フォーマット
    RES_NAME  H_PATTERN_NUM
    H_NUM  PATTERN_TYPE  H_NAME  CONNECTED_HEAVY_ATOM  CONNECTED_LIST
        :
    • RES_NAME: 残基名
    • H_PATTERN_NUM: 残基内の水素原子の結合パターン数 (この行の下に列挙するパターン数)
    • H_NUM: この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数
    • PATTERN_TYPE: (おそらく、水素結合様式?)
    • H_NUMPATTERN_TYPE の組み合わせ例は以下の通り。
    • H_NAME: 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH2 のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、NH'1NH'2 などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する)
    • CONNECTED_HEAVY_ATOM: 水素原子が直接結合している重原子の原子名
    • CONNECTED_LIST: CONNECTED_HEAVY_ATOM に結合している重原子の原子名リスト (ただし、リストの個数は現在不明)
  • 例. dna.hdb
    DA5	9
    1	2	H5T	O5'	C5'	C4'	
    2	6	H5'	C5'	O5'	C4'	
    1	5	H4'	C4'	C5'	O4'	C3'	
    1	5	H1'	C1'	O4'	N9	C2'	
    1	1	H8	C8	N9	N7	
    2	3	H6	N6	C6	C5	
    1	1	H2	C2	N1	N3	
    1	5	H3'	C3'	C4'	C2'	O3'	
    2	6	H2'	C2'	C1'	C3'	
    DA	8
    2	6	H5'	C5'	O5'	C4'	
    1	5	H4'	C4'	C5'	O4'	C3'	
    1	5	H1'	C1'	O4'	N9	C2'	
    1	1	H8	C8	N9	N7	
    2	3	H6	N6	C6	C5	
    1	1	H2	C2	N1	N3	
    1	5	H3'	C3'	C4'	C2'	O3'	
    2	6	H2'	C2'	C1'	C3'	
        :
  • 分子シミュレーション関連/gromacs/ファイルの仕様/hdb.txt
  • 最終更新: 2019/02/06 13:31
  • by mumeiyamibito