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分子シミュレーション関連:gromacs:ファイルの仕様:hdb [2019/02/06 13:00]
mumeiyamibito
分子シミュレーション関連:gromacs:ファイルの仕様:hdb [2019/02/06 13:31] (現在)
mumeiyamibito
ライン 15: ライン 15:
     * ''​H_NUM'':​ この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数     * ''​H_NUM'':​ この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数
     * ''​PATTERN_TYPE'':​ (おそらく、水素結合様式?)     * ''​PATTERN_TYPE'':​ (おそらく、水素結合様式?)
-      ​* 1: N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH +    ​''​H_NUM''​ と ''​PATTERN_TYPE''​ の組み合わせ例は以下の通り。 
-      * 2: Side-chain OH +      * ''​1  ​1''​: N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH 
-      * 3: NH<​sub>​2</​sub>​ +      * ''​1  ​2''​: Side-chain OH 
-      * 4: N-terminal NH<​sub>​3</​sub>,​ SP<​sup>​3</​sup>​ CH<​sub>​3</​sub>​ +      * ''​1 ​ 5'':​ C-alpha CH 
-      * 5: C-alpha CH +      * ''​2  ​3''​: NH<​sub>​2</​sub>​ 
-      * 6: Alkane+      * ''​2 ​ 6'':​ Alkane 
 +      * ''​3  ​4''​: N-terminal NH<​sub>​3</​sub>,​ SP<​sup>​3</​sup>​ CH<​sub>​3</​sub>​
       * 参考サイト:​ [[https://​github.com/​UWPRG/​GROMACS/​wiki/​Adding-residues-in-GROMACS | Adding residues in GROMACS · UWPRG/​GROMACS Wiki · GitHub]]       * 参考サイト:​ [[https://​github.com/​UWPRG/​GROMACS/​wiki/​Adding-residues-in-GROMACS | Adding residues in GROMACS · UWPRG/​GROMACS Wiki · GitHub]]
     * ''​H_NAME'':​ 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH<​sub>​2</​sub>​ のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、''​NH'​1''​ や ''​NH'​2''​ などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する)     * ''​H_NAME'':​ 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH<​sub>​2</​sub>​ のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、''​NH'​1''​ や ''​NH'​2''​ などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する)
  • 分子シミュレーション関連/gromacs/ファイルの仕様/hdb.txt
  • 最終更新: 2019/02/06 13:31
  • by mumeiyamibito