ショートカットキー
キー | 挙動 | 備考 |
r | 回転(rotate)モードに変更 | マウスのドラッグで分子を3次元的に回転させる |
t | 水平移動(translate)モードに変更 | マウスのドラッグで分子を水平移動させる |
s | 拡大縮小(scale)モードに変更 | マウスのドラッグで表示領域を拡大縮小させる |
c | 回転の中央に設定する | 原子をクリックすると、回転モード時にその原子がある座標を中心に回転させる (原子が移動しても原子を追跡するわけではない) |
p | pickモードに変更 | コンソール画面にクリックした原子の情報を表示する |
. or > | アニメーションの再生 |
, or < | アニメーションの逆再生 |
/ or ? | アニメーションの停止 |
内部コマンド
コマンド | 挙動 | 例 |
mol new MOL | 座標ファイル MOL を読み込む | mol new foo.nc |
mol new MOL first FRAME1 last FRAME2 | 座標ファイル MOL から FRAME1〜FRAME2 を読み込む | mol new foo.nc first 50 last 100 |
mol addfile TOPOL | 直前のファイルに対し、分子のトポロジー TOPOL を読み込む | mol addfile foo.prmtop |
play VMD | 状態ファイル VMD を読み込む | play foo.vmd |
save_state VMD | 状態ファイル VMD を保存する | save_state foo.vmd |
color Display Background COLOR | 背景色を変更する | color Display Background white |
pbc box [-color black -width 1] | セルを表示する |
quit | VMD を終了する |
分子の表示の変更
Graphics
→ Representaions…
で Graphic Representations
ウィンドウを起動する。
新たに描画対象を指定する場合は、Create Rep
ボタンをクリックする (編集する場合はスキップする)。
Style Color Selection
と書かれた項目から編集対象のスタイルを選択する。
Selected Atoms
の下の欄に、対象とする原子・分子を指定する (下のタブの Selections
内の項目をダブルクリックしていくだけでも何とかなるかも)。
よく使う selection:
一般名:
protein
: 一般的なアミノ酸
nucleic
: 一般的な核酸
water
: 水分子
特定の条件を指定:
論理演算子
and
: 条件を AND でつなぐ
or
: 条件を OR でつなぐ
not
: 条件を否定する
距離指定
参考サイト
条件を入力したら、Enter を押して確定する。
Draw style
タブで、Coloring Method
と Drawing Method
、Material
を指定する。
周期境界ボックスを表示する
-
オプションをフルに設定する
> pbc box -color black -width 1
奥の原子・分子が暗い or 霧がかかる
ズームするとポリゴンの内部が見える
回転の中心設定
ビューア画面上で c を入力 (中心選択モード)
中心に据えたい原子をクリック
一時的に特定条件の原子を消す (スタイルを無効化する)
カウンターイオンの表示 (representations) 方法
AMBER のパラメータファイルでは、カウンターイオンは「元素名 + “+“」や「元素名 + ”-“」で表記されている (例. K+、Cl-)
カウンターイオンの表示を、VMD の Graphical Representations の Selected Atoms
にそのまま入力すると、The atom selection you typed could not be understood.
(syntax error) とエラーが出て選択できない (アニオンは問題ないが…)
その場合は、その Selected Atoms
で元素名をシングルクォーテーションで囲んでしまえばいい (ダブルクォーテーションだと Syntax error になる)
例. K+ の場合、
分子間水素結合の表示
原子間距離の表示
Mouse → Label → Bonds で距離を知りたい原子をクリックする
ラベルが邪魔な時は、Mouse → Label → Atoms にして、消したいラベルの原子をクリックする
距離をプロットする場合は、Graphics → Labels… から、Bonds を選択して、Graph タブの Graph… をクリックする
断面図の作成
座標及びトポロジーファイルを読み込んで分子を表示する。
Extensions
→ Visualization
Clipping Plane Tool
を選択する。
断面の切断面を側面から見る位置に分子を回転させる。
その位置で、起動した Clip Tool
の Settings
内の 2 項目 (Normal follows view
と Origin follows center
をチェックを入れて、再度チェックを外す)
Normal follow view
: 現在のビューに合わせて座標を設定する。
Origin follows center
: 現在のビューに合わせて、座標中心を設定する。
Edit Clipping Planes
内の数字 (断面番号) のいずれかをクリックする。
Active
をクリックする。
Distance
を設定する。
断面で囲むために、別の切断番号をクリックする。
Active
をクリックする。
Normal
の項目にある flip
ボタンをクリックする。
Distance
を設定する (スクロールバーの進める方向は 7 と同じ方向)。
パワーポイントで再生できる動画作成方法
分子パラメータやトラジェクトリを読み込んだ状態にする
Extensions → Visualization → Movie Maker を選択
メニューバーの Movie Settings で、Trajectory を選択
メニューバーの Format にて、「MPEG-1 (ppm to mpeg)」を選択
Set working directory を変更<br>(ここで指定したディレクトリに動画作成のためのテンポラリファイルと動画が作成される)
Name of movie に動画のタイトルを入力<br>(拡張子の前のファイル名になる)
可能ならば、Movie duration を設定
Make Movie をクリック
Windows Movie Maker を使う方法
出力された動画を Windows のムービーメーカーに読み込ませる
メニューで「ムービーの保存」→「カスタム設定の作成」を選択
名前にプロファイル名を付ける
サイズ: 720×576
ビットレート: 1250 kbps
フレームレート: 25 fps
オーディオなし
最後に保存ボタンを押す
もう一度、「ムービーを保存」→「先ほど保存したプロファイル」で、保存ダイアログが表示されるので、ファイルの種類を「Windows Media ビデオファイル」にして保存
transmagedon を使う方法
動画を選択
以下の設定にする
Presets: No Presets
Output Format: MPEG PS or MPEG1-Video
Choose Audio Codec:
Choose Video Codec: H.264
Rotate the video image if needed:
Transcode ボタンを押す
ffmpeg, avconv を使う方法
$ ffmpeg -i INPUT -s 720x576 -r 29 -b:v 1250k -c:v wmv2 OUTPUT.wmv
インストールしても動かせない