差分

この文書の現在のバージョンと選択したバージョンの差分を表示します。

この比較画面にリンクする

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
python:parmed [2020/06/30 12:27]
mumeiyamibito [PDB から座標を抽出する]
python:parmed [2020/06/30 12:30] (現在)
mumeiyamibito [PDB からリガンドの座標を抽出する]
ライン 95: ライン 95:
 print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected)]) print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected)])
 </​code>​ </​code>​
 +    * ''​parmed.amber.AmberMask(MOLECULE_OBJECT,​ AMBERMASK)''​ で Amber mask による指定ができる。 
 +    * AmberMask オブジェクトの ''​.Selected()''​ はジェネレータで、Amber mask で指定された原子のインデックス (配列インデックス) を返す。
  
 ===== 参考サイト ===== ===== 参考サイト =====